دشمنان دیرینه باشگاه وینکس، یعنی جادوگران تریکس، با نیمف شرور پولیتیا متحد می‌شوند و می‌فهمند که برای شکست دادن پری‌ها برای همیشه و شکست‌ناپذیر شدن، به چیز بسیار کمی نیاز دارند: مرواریدی پنهان در اعماق اقیانوس بی‌کران! مروارید اعماق در عین کوچکی بسیار قدرتمند است و قدرت‌های عظیمی به صاحبش می‌بخشد! برای وینکس حتی یک دقیقه هم وقت تلف کردن جایز نیست: آن‌ها چگونه نقشه‌های دشمنان خود را قبل از اینکه خیلی دیر شود متوقف خواهند کرد؟ آماده شوید: خطرناک‌ترین ماموریت وینکس در حال آغاز است!

در بخش اول، فیلم از افسانه خاصی پیروی نمی‌کند؛ بلکه بیشتر مجموعه‌ای از داستان‌های شخصیت‌های مختلف را به تصویر می‌کشد. در واقع، فیلم پس از تبدیل شدن پینوکیو به یک پسر بچه واقعی آغاز می‌شود. ژپتو در کارگاه خود، روزهایی را به یاد می‌آورد که پینوکیو هنوز چوبی بود.